關於倉央嘉措怎麽死的，在民間有著多種不同的說法，大致可以總結為以下幾點：壹倉央嘉措是在被押解趕往京城的路途之中，在經過青海湖壹帶的時候病死的；二是倉央嘉措是被他的政敵拉藏汗暗中殺死的。
三是倉央嘉措被押往京城之後，由於被清朝皇帝關押在五臺山上，郁郁不得誌，最後死去；四為在倉央嘉措被押往京城的途中，壹位好心的官差將他秘密釋放，之後他就在青海湖壹帶過著普通人的生活，閑散放牧作詩悠閑的過完余生。
而流傳最多的說法則是倉央嘉措死在25歲的時候被皇帝嚴令邀請往京城。當時眾人聽到皇上的嚴厲的詔書，擔心自己的小命難保，在毫無對策之下，於是請求倉央嘉措希望他能夠裝做仙逝或者是將身體找個地方藏起來。
在布達拉宮，倉央嘉措受到嚴格監督學經修道，他常走出庭院散心，而那些年老的經師則亦步亦趨地跟隨著他，懇求他繼續學經。倉央嘉措出身紅教家庭，紅教教規並不禁止僧侶娶妻生子，而黃教則嚴禁僧侶接近女色，更不能結婚成家。對於種種清規戒律、繁文縟節，倉央嘉措難以適應。