上海海關學院現設有海關與公共管理學院、海關與公共經濟學院、工商管理與海關事務學院、海關法律系、海關外語系、公共教育系、馬克思主義學院、檢驗檢疫技術交流系八個學院(系)。設置了海關管理、海關檢驗檢疫安全、海關檢驗、行政管理、物流管理、審計、國際商務、稅務、經濟統計、法律、英語等11本科專業和4個專業學位點，分別屬於管理類、經濟類、法律類、文學類。
上海海關學院是經教育部批準的全日制普通高等院校，直屬中華人民共和國海關總署。是“服務國家特殊需要人才培養計劃”培養碩士研究生的試點單位。？學校以建設海關特色鮮明、服務國家戰略、具有國際影響力的壹流高等學府為目標，積極跟進海關改革發展實踐，為建設新時代社會主義現代化海關多做貢獻。
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