常見的起始密碼子有3-4個，分別是真核生物中的AUG、蛋氨酸和原核生物中的N-甲酰蛋氨酸(fMet)。GUG(纈氨酸)或AUA(異亮氨酸)和UUG(亮氨酸)也被用作起始密碼子(在壹些生物中)。大多數生物的起始密碼子是AUG，它是多肽鏈合成的初始信號，編碼壹種氨基酸。原核生物起始密碼子的翻譯對應於甲酰甲硫氨酸(fMet)，真核生物的翻譯對應於甲硫氨酸(Met)。壹些原核生物也使用GUG和UUG作為起始密碼子。