真核生物的起始密碼子是AUG(編碼蛋氨酸)；在原核生物中，有三種起始密碼子:奧格、GUG和UUG。在大多數情況下，它是AUG(編碼甲酰甲硫氨酸)，在少數情況下，GUG也可以是起始密碼子。
但是作為起始密碼子，GUG也編碼甲酰甲硫氨酸。也就是說，GUG作為肽鏈中間的密碼子，編碼纈氨酸，只有在原核生物中作為起始密碼子時，才編碼甲酰甲硫氨酸。
選擇性識別
原核生物的翻譯依賴於核糖體30S亞單位識別mRNA上的起始密碼子AUG，這決定了它的可翻譯框架。AUG的識別是通過包含在fMet-tRNA中的堿基配對信息(3’-UAC-5’)來完成的。
原核生物中還有其他可選擇的起始密碼子。大腸桿菌基因14%的起始密碼子是GUG，3%是UUG，另外兩個基因使用AUU。這些不常見的起始密碼子與fMet-tRNA的配對能力弱於AUG，導致翻譯效率下降。
以上內容參考百度百科-起始密碼子。