(1)轉基因食品改變了我們所吃食物的自然屬性。它所使用的生物物質並不是人類食品安全所提供的部分，也沒有經過長時間的測試，會對人體造成很大的健康危害。
(2)轉基因食品會產生不可預知的生物突變，從而在食品中產生更高的含量和新的毒素。
(3)過敏或過敏反應:基因技術會在食物中產生不可預測和未知的過敏原。科學家將巴西核桃的特性移植到大豆上，但結果是，壹些對核桃過敏的人吃了大豆後可能會出現過敏反應。
(4)轉基因食品降低了食物的營養價值或降解了食物中的重要成分:美國的研究數據表明，在帶有抗除草劑基因的大豆中，異黃酮等抗癌成分減少。轉基因食品的虛假新鮮迷惑了消費者。有光澤的紅色番茄可以儲存幾個星期，但它們的營養價值很低。
(5)轉基因技術利用抗生素抗性基因來識別轉基因作物，即作物具有抗生素抗性基因。這些基因通過細菌影響我們。英國的研究表明，轉基因作物中的突變基因可能會進入生物體內，其結果可能會導致新的疾病。如果類似的結果發生在人類和動物身上，就有可能培育出抗生素無法殺死的最強大的超級細菌。
(6)2007年，法國科學家證實孟山都公司生產的壹種轉基因玉米對人體肝臟和腎臟有毒。