測序公司發的測序結果壹般包括壹個峰文件和壹個序列文件。峰值文件為Abi格式，用chromas軟件打開(百度在線)。
如下圖所示，四種顏色的波形代表四個堿基的信號強度。在正常的峰圖中，峰和谷是清晰的，峰之間的距離是均勻的。理想的測序結果應不受底部其他峰的幹擾。
測序結果的前幾十個bp不能用來指下圖黃色區域標註的區域；這部分不可靠的數據需要在拼接序列或序列比對前去除，以免影響分析結果。
PCR產物測序時，由於PCR引物上的堿基是無染料的，所以檢測不到信號，測序結果中也找不到引物的序列。例如，PCR引物可以通過測序與載體相連的通用引物來找到。
測序公司給出的峰圖在1000 ~ 1200 BP之間，但800bp後有重疊波，峰鈍化，堿基之間的距離有時會突然增大(本圖812bp~813bp)，會影響結果的準確性，只能作為參考。