從當前位置有或無投影的基因組序列的祖先子位置自動多尺度嵌套正交蛋白質建立推理矩陣。Rogozin等(6)編譯的基因(正交684簇KOGs)由8個真核生物模型組成，包括壹個脊椎動物(人)、兩個動物(黑腹果蠅和岡比亞瘧原蟲)、壹個根結線蟲(新果實蠅)、兩個真菌酵母和粟酒裂殖酵母)、壹個植物擬南芥(擬南芥)和壹個原生生物(瘧原蟲)。結果16577的唯壹子位置集中在7236≈(43%)，最完全的比對只有通過保留才得以保留。且省矩陣分析，多洛小氣(6)。保存矩陣隨後被其他研究人員合並。Roy和Gilbert (7)提出了局部最大似然(ml)方法，該方法糾正了認知偏差。同時，由於周圍分支未被檢測到而丟失，直接觀察到內含子。但是，當這個目標位點的數量(例如觀察接合子的位置)考慮到曼梯裏同時明確的所有物種的數量時，(8-10)祖先子位點比以前少了(7)。原因可能是遠征軍的方法。不允許出現同形收入(比如多次插入同壹對應位置)(8，9，11)，但也可能是同形乞丐。