不是所有的雙鏈DNA都可以用來轉錄mRNA，只有壹條鏈可以。DNA中有壹條鏈，它的核苷酸序列與mRNA的核苷酸序列相同，這條鏈叫做編碼鏈。指導mRNA合成並與mRNA互補的DNA鏈稱為模板鏈或反義鏈。
只有模板鏈(反義鏈)可用於轉錄mRNA。另壹條鏈(編碼鏈)只作為DNA復制的模板，只用於生成另壹條DNA鏈，不用於其他目的。
核糖核酸聚合酶
通過與壹系列組分形成動態復合體，完成轉錄起始、延伸和終止的過程。生成的mRNA攜帶密碼子，進入核糖體後可以實現蛋白質的合成。轉錄只使用DNA的壹條鏈作為模板，選擇作為模板的單鏈稱為模板鏈，也稱為無義鏈；另壹條單鏈稱為非模板鏈，即編碼鏈，由於編碼鏈與轉錄產生的RNA序列T壹致，成為u以外的其他序列，所以也稱為有義鏈，DNA上的轉錄區稱為轉錄單位。