1，破壞基因
2.轉錄抑制
3.抑制翻譯
4.抑制翻譯後的蛋白質修飾。
相應的理論基礎
1.刪除整個基因，或者在基因前添加終止子，或者在基因前刪除啟動子AUG。
2.轉錄抑制可分為基因抑制和mRNA抑制。
從基因的角度來說，抑制就是抑制啟動子的活性，或者修飾操縱子，使操縱子後面的基因不能表達，比如乳糖操縱子。
從mRAN的角度來看，大部分抑制是RNA幹擾，使新的RNA與mRNA結合，從而阻止mRNA被轉錄。另外，可以用化學試劑破壞mRNA的結構，使mRNA的高級結構破壞無法在轉錄中發揮作用。
3.抑制翻譯可分為:抑制tRNA和抑制核糖體。
從抑制tRNA的角度來說，可以破壞tRNA的結構，使tRNA不能成為氨基酸，也不能與mRNA結合。
從核糖體抑制的角度來看，可以抑制大小亞基的結合，或者占據A、P、E三個位點，使tRNA無法與核糖體結合。此外，核糖體的結構也會被破壞，比如核糖體會被酶降解。
4.破壞對蛋白質折疊起作用的相關成分，使蛋白質不能形成正確的結構，最終被降解，從而達到抑制基因表達的效果。如:用酶降解分子伴侶。