早在明末清初，西方醫學就已在中國傳播，壹些西方醫學知識由耶穌會士從西方帶到中國，如鄧編著的《人物簡介》、《人物畫像》等。這時，壹些中醫領域的醫生開始接受西醫的理論，如畢和金正熙，他們接受了大腦中的記憶理論。王認為西方人所謂的水、風、火、土四大元素與中國的五行學說相似，於是用它們與中醫的太極陰陽學說相銜接，還用胎生學說闡述命門學說。而王學權則認為《人體概論》、《人體壹圖》等著作中介紹的解剖學知識可以彌補中醫的不足，但也有不足之處，應“信其可信，而不疑其可疑”。
19世紀中葉以後，西醫大量傳入中國，傳教士的到來、西醫書籍的翻譯、西醫學校和醫院的建立、外國留學生的吸收，迅速沖擊了中國的傳統醫學。面對這種嚴峻的形勢，中醫界出現了分裂。有人認為中醫很完美，沒必要學別人。也有人認為中醫沒用，應該全盤接受西醫的內容。另壹方面，中西醫學派認為中西醫各有所長，要吸收西醫的長處，為中醫所用。但中西匯通派在具體認識和方法上也有很大不同。
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