該學院非常重視科學研究。十年來，有20多項研究成果獲得農業部、省、廳級獎勵，其中省級壹等獎3項，二等獎5項。現負責國家科委扶貧項目、國家自然基金項目、農業部項目、兵團項目、校級項目20余項。“十五”期間科研經費總額達200多萬元，特別是高效工廠化養羊綜合配套技術的研究和應用達到國內領先水平，與美國、日本、揚州大學、南京農業大學、中國農業大學、新疆農業大學、蘭州獸醫研究所、自治區畜牧科學院等教學科研機構建立了廣泛的業務合作。學院堅持科研開發與成果轉化協調發展，教學、科研、產業、服務相結合。學校建有飼料添加劑廠、獸藥廠、動物醫院、獸藥經銷部和專家門診、畜牧實驗站等教學、科研和成果轉化基地。其中投資200多萬元的飼料添加劑廠已有10年的歷史，開發了30多種預混料、添加劑和獸藥，取得了明顯的經濟效益和社會效益。
學院本著培養高素質應用型人才、服務新疆和兵團經濟的理念，突出教學與生產實踐相結合的特色，加強與區內大型企業、農場的合作。“九五”期間，與大型飼料廠、大型羊場、養豬場、牛場、養雞場、優良種畜胚胎工程和種畜場合作建立了八個長期固定的產學研教學基地，在人才培養和畜牧業生產中發揮了重要作用，顯示出良好的發展前景。面向21世紀，學院以“培養壹流人才、出壹流成績、創壹流效益”為己任，不斷轉變教育思想、更新教育觀念，為實施“西部大開發”和“科教興國”戰略、振興兵團農牧業做出新的貢獻。
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