上海交通大學醫學院前身為聖約翰大學醫學院(成立於1896)、奧羅拉大學醫學院(成立於1911)、同德醫學院(成立於1918)於1952調整而來。1985，更名為上海第二醫科大學。
1997，學校通過“211工程”。2005年7月18日，上海交通大學與上海第二醫科大學合並，成立了由教育部和上海市人民政府共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。2010，11年10月，學院成為衛生部與教育部合作共建的首批十所重點大學之壹。
截至2017，17年2月底，學院擁有重慶南路和閔行兩個校區，23個學院(系)，13附屬醫院，開設2個八年制(授予博士學位)，7個本科專業；有壹級博士後流動站4個，壹級博士學位授權點8個。
國家重點學科(三級學科)16個，上海市重點學科18個，上海市高校壹級學科9個；七個學科進入ESI全球排名前1%；醫務人員25348人，專任教師6665438人，院士365438人。在校生7927人，其中本科和長期生2821人，研究生4842人，國際生274人。