1.培養目標不同:醫學碩士的培養目標是培養具有臨床實踐能力和臨床研究能力的高級臨床醫學專門人才，註重臨床實踐技能的培養和臨床研究能力的提高；醫學碩士的培養目標是培養具有較強醫學理論研究能力和創新能力的高層次醫學研究人才，註重醫學理論的深入研究和創新能力的培養。
2.課程設置不同:醫學專業的課程設置更註重臨床實踐技能的培養，包括臨床實踐、臨床技能訓練和臨床病例討論。醫學碩士的課程設置更註重醫學理論的深入學習，包括醫學基礎課程、醫學研究方法、醫學統計學等。
3.畢業要求不同:醫學專科的畢業要求通常包括完成臨床實習、通過臨床技能考試、完成學位論文。醫學碩士的畢業要求通常包括完成學位論文和通過論文答辯。
醫學碩士是培養高層次醫學專門人才的專業碩士學位，壹般要求學生具有壹定的專業背景和壹定的工作年限(工作年限多要求5年)。