南科大研究生院由湯濤副校長負責。學校將與北京大學、哈爾濱工業大學、香港大學、香港浸會大學、香港科技大學、天普大學、澳門大學合作，解決2015起招收研究生的問題。
按照計劃，每年將招收1，000名本科生，未來每年將招收1，000名研究生，共800名教師，8000名學生。加上其他研究專家和助理，未來學校總規模在1.2萬學生左右。國際化將是南科大的壹大特色，國際學生和外籍非中文教師比例有望達到20%。
2065438+2005年9月，南科大與澳門大學聯合培養的第壹批研究生入學。