根據教育部下發的《關於完善研究生教育投入機制的意見》(財教[2013]19號)文件，凡納入國家研究生招生計劃的研究生，均須繳納學費。
我校全日制研究生所有專業學費6000 ~ 8000元/生/年；三個領域(漁業開發、食品加工與安全、農業管理)農業碩士非全日制研究生(3年學制)收費標準:4.5萬元/人；MPA(學制2年)收費標準:25000元/年。
學校建立了國家獎學金、國家助學金、學術獎學金、“三助”及相關配套政策措施的研究生獎學金體系。具體學費和補助按我校相關文件執行。
上海海洋大學博士生收費標準
(1)學費標準:凡納入招生計劃的全日制博士生均須繳納學費，繳費標準為10000元/人/年。
(2)定向就業博士生錄取需簽訂《上海海洋大學博士生定向就業協議書》。
非定向就業博士生可參加學業獎學金、助學金和優秀獎學金的評審，並可在就讀期間申請國家助學貸款納入上海市城鎮居民基本醫療保險。