數學系、物理系、化學系、地球與空間科學系、統計與數據科學系、機械與能源工程系、材料科學與工程系、電子與電氣工程系等。
中國南方科技大學(以下簡稱“南科大”)是國家高等教育綜合改革實驗學校，廣東省高水平大學重點建設高校，廣東省領導和管理的全日制公辦普通高校，在深圳創辦的創新型大學。南科大以理工類、醫學類為主，有部分人文社科和管理類學科特色。
2007年，決定籌建南科大，深圳市政府成立南科大籌備辦公室，開展籌備工作。深圳市政府首次向廣東省提交了創辦南科大的申請。2008年，深圳成立了中國南方科技大學(籌)創始校長遴選委員會和招聘校長工作小組。深圳市委常委會同意聘任朱清時院士為中國南方科技大學(籌)創始校長。
2010，南科大全面接收南開大學深圳金融工程學院為起步校區，南科大校園建設壹期工程正式破土動工；2011，南科大正式開學，首批教改實驗班45名學生入學。“中國南方科技大學春季開學典禮”在中國南方科技大學深圳分校舉行。首批45名自主招生學生及其家長、相關領導以及200余名特邀專家學者出席儀式。