東南大學(985 211)
南京理工大學(國防985 211)
南京航空航天大學(國防985 211)
河海大學(211)
南京農業大學(211)
以上大學都有研究生院。中國有56所大學設有研究生院，承擔了全國76%的博士和55%的碩士培養任務。研究生院在我國研究生教育和高水平科學研究的發展中發揮著重要作用。
南京有壹些不錯的學校，但是沒有研究生院，如下。
中國藥科大學(211)
南京師範大學(211)
南京醫科大學
南京中醫藥大學
南京工業大學
南京郵電大學
南京林業大學
南京財經大學
南京藝術學院
南京體育學院
等壹下。。