從2004年開始，壹些系已經開始用兩年制的基礎學制來修改他們的培養計劃。2005年，除部分專業碩士外，所有學科均按照兩年制的基本學制制定培養方案。學校希望大部分碩士生能夠按照培養計劃的要求，在兩年內制定個人學習計劃。
清華將整合優化培養流程，加強關鍵環節管理，提高碩士研究生綜合素質，培養其終身學習和獨立工作能力，促進其未來職業發展和成長，進壹步提高其學習和培養效率。