學校的前身是創建於1953的中國人民解放軍軍事工程學院(簡稱“哈爾濱軍工”)，陳賡將軍任首任校長兼政委。1970年，哈爾濱船舶工程學院在哈爾濱軍工原址，在哈爾濱軍工海軍工程系全員編制和其他部門部分幹部、教師的基礎上成立。1978學院被國家教委確定為國家重點院校。1994更名為哈爾濱工程大學。1996年，學校進入國家“211工程”首批建設學校。2002年，國防科工委與黑龍江省重點哈爾濱工程大學簽訂協議，標誌著學校的發展建設進入了壹個新的階段。
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