山頂年平均降水量2369.3毫米，年平均降雨天數180.6天，多集中在4-6月，降雪32.9天，霧259天，大風118.7天，年平均氣溫7.9℃，夏季最高氣溫27℃，冬季最低氣溫-22℃。景區森林茂密，溪流瀑布眾多，空氣質量常年保持壹級。空氣PM2.5日均濃度為5微克/立方米，空氣中的負氧離子濃度常年穩定在20000個/立方厘米以上，因此被譽為“天然氧吧”。
黃山地區有600多條河流，其中長度超過10km的河流有108條。由於黃山山脈橫貫全市，黃山市分為南坡和北坡，南坡的盆地面積大於北坡。