課程體系的安排既體現了學位教育基礎理論的紮實特色，又使學生在真實的SAP環境中掌握SAP的技術、技能、經驗和方法。通過定向企業實習過程，學生可以親身加入和體驗真實的SAP工作環境，直接獲得實際工作經驗，掌握SAP系統的實施和應用能力。所有課程分為公共基礎課、專業基礎課和SAP專題課(詳見學校研究生培養計劃)。
工程碩士課程
1.上海交通大學計算機科學與工程系由SAP行業資深專家組成，通過課堂教學、在線學習、專題講座、案例實踐等方式進行。
2.北京理工大學計算機學院，校內外著名學者、培訓專家、職業經理人等。，通過課堂授課、講座和案例討論。攻讀工程碩士學位的學生應獲得不少於33學分的總學分。
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