學校創建於1902三江師範學校，經歷了兩江師範、南京高等師範、國立東南大學、國立中央大學等重要發展時期。1952期間，全國高校院系調整，文理科外遷，以原中央大學工學院為主體，先後並入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學相關院系。
南京工程學院在國立中央大學原址建立。5月1988，學校更名為東南大學。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通學院合並，南京地質學校合並，組建新的東南大學。
教學理念:
當我們走進課堂時，我們會強烈地感受到課堂教學中師生關系的和諧，以及在問答環節中師生之間產生的智慧火花。學校根據學生不同的智力水平和學習能力，提出要正視學生智力水平的差異，不歧視、不忽視任何壹個學生，想盡壹切辦法縮小差異，讓每壹個學生都能得到適合自身條件的最佳發展。
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