2019年2月醫院官網顯示，北京協和醫學院有18個研究所(含5個分院)，7個臨床醫院，6所高校，1個研究生院。
在職博士生導師654人，碩士生導師845人；在校生4726人，其中研究生3862人，占82%；本科生和成人本科生628人，占13%；普通專科236人，占5%；中央直屬醫院6所，已建醫院1所。