1.學校類型不同:國科大是綜合性大學，中科大是理工科大學。
2.學歷層次不同:國科大的前身是中國科學院研究生院，創建於1978。它是中共中央國務院批準的新中國第壹所研究生院。2014之前，國科大以研究生教育為主，2014之後，還接受本科、碩士、博士三個教學層次。中科大的教育層次以本科為主。