南京大學鼓樓校區有南京大學考古與藝術博物館、南京大學地球科學博物館、南京大學歷史博物館。南園內有孫中山就任中華民國臨時大總統時的故居(中山樓)，拉貝故居，設立拉貝紀念館和國際安全區。北園內有賽珍珠故居和何故居(計都門)。
南京大學附屬醫院有南京大學醫學院附屬鼓樓醫院、南京大學醫學院附屬口腔醫院、南京大學醫學院附屬金陵醫院、南京大學醫學院附屬泰康仙林鼓樓醫院等。，以及南京各專科醫院作為教學醫院。