目前有博士學位授權壹級學科12個，二級學科授權博士學位1個，壹級學科授權碩士學位27個，二級學科授權碩士學位4個，碩士學位授權類別10個。博士碩士授權學科涵蓋哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、農學、管理學、藝術學等10個學科。
學校擁有中國少數民族語言文學和動物學兩個國家重點學科，生態學1個國家重點培育學科；自治區重點學科18，自治區重點培育學科8個。
2020年，內蒙古大學計劃招收全日制博士研究生178人(其中“少數民族高層次骨幹人才”專項計劃5人，“高校思想政治工作骨幹在職博士學位”專項計劃3人)，計劃招收碩士研究生21人，其中全日制學歷學位846人，全日制專業學位955人，非全日制專業學位3人。