檔案有區別。
定向研究生的檔案、人事、戶口、工資關系留在原工作單位，畢業後沒有派遣證和報到證。非定向生入學前需要轉入高校。不能按時轉入檔案的同學取消資格，畢業後有派遣卡和報到證。
培訓費用有差異。
定向研究生的培養費用由定向單位承擔，非定向的主要是提高自身能力。培養費用由申請人自行承擔，非定向生的部分培養費用也由中央或地方財政撥款。
獎學金不壹樣。
定向研究生壹般不能享受獎學金、助學金等。而非定向生在校期間可享受國家規定的獎學金等生活福利。
就業是有區別的
定向研究生入學前已確定工作單位，入學前必須簽訂定向協議，畢業後回原單位。非定向人員在錄取時對未來工作單位不確定。畢業時應服從國家就業指導，在國家規定的服務範圍內進行安排或實行雙向選擇。