理工科:生物化學、生物人類學、生物醫學工程、植物學、細胞生物學、微生物學、化學、計算機、電子工程、數學、物理、材料科學、機械工程、統計決策、心理學、環境科學等。
文科:工商管理、人類學、文學、經濟學、英語、德國研究、歷史、音樂、政治、社會學、公共政策研究等。
醫學:遺傳學、免疫學、神經生物學、病理學、藥理學、理療學等。
杜克大學不僅在研究生院招收碩士和博士，其管理學院、神學院、環境學院、法學院、醫學院和護理學院也開設碩士和博士課程。