(1)不同的文化目標
培養學術型研究生的目標是培養嚴謹的學風，重視理論聯系實際；掌握本學科紮實的基礎理論和系統的專業知識；具有從事醫學科學研究或獨立承擔專業技術工作能力的專業人員。
專業研究生培養的目標是具有較強的臨床分析和思維能力，能夠獨立處理本學科常見疾病，對初級醫師進行專業指導，達到住院醫師規範化培訓第壹階段結束時所要求的臨床工作水平。
(2)培養過程不同。
學術型研究生主要由導師制定其三年的學習、臨床和科研工作計劃，主要開展所在學科的科研和臨床工作。
專業研究生(臨床醫學和口腔醫學)全部參加浙江省住院醫師規範化培訓，接受培訓管理。
(3)獲得畢業證書的標準不同。
學術型研究生完成論文答辯即可畢業。
專業研究生(臨床醫學和口腔醫學)畢業前需要完成論文答辯，通過學校臨床能力畢業考試，取得執業醫師資格證和住院醫師規範化培訓證書。