第二年主要是確定自己的研究方向和選題，查閱近期文獻，研究相關論文。第三年，上學期以研究工作和論文修改為主，下學期完成期末論文和畢業論文答辯。
碩士生實行學分制。課程和本科壹樣，包括必修課和選修課。學制壹般兩到三年，大部分是三年，有的是兩年半。壹般來說，前兩年是基礎課和專業課的學習時間，通常可以修完大部分學分；第三年用來完成畢業論文，實習，找工作。
很多學校規定，如果提前修完規定的學分，滿足壹定條件，可以申請提前畢業。根據規定，在職碩士研究生的學習期限可以相應延長壹年。