為進壹步推動南京航空航天大學博士生培養工作，提高博士學位授予質量，南京航空航天大學研究生院先後出臺了《優秀博士、碩士學位論文評選獎勵辦法》、《優秀博士學位論文培養試點辦法》、《博士學位論文匿名評審實施辦法》等。，設立博士學位論文創新卓越基金，制定研究生“雙語教學”課程建設計劃實施意見。促進了研究生特別是博士生質量的全面提高。學校獲得國家級優秀博士學位論文3篇，省級優秀博士學位論文10篇，省級優秀碩士學位論文25篇。
目前，南京航空航天大學正根據國家經濟建設和社會發展的需要，合理調整學科布局，優化學科結構，積極發展研究生教育，實施“以人為本，註重內涵，強化特色，加快發展，創壹流”的發展戰略，以完成南京航空航天大學“十壹五”和《遠景規劃》提出的建設任務，把南京航空航天大學建設成為具有航空、航天、民航特色的國內壹流大學。
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