北京交通大學作為交大三源之壹，最早可以追溯到1896。其前身是清政府創辦的北京鐵路管理學院。是中國第壹所專門培養管理人才的高等院校，是中國現代鐵路管理和電信教育的發源地。1921參與合並組建交大；1923更名為北京交通大學。
1970，恢復“北方交通大學”校名；2003年，恢復“北京交通大學”校名。
截止2017年8月，學校擁有東校區和威海校區兩個校區，總占地面積1032443.37平方米，教學科研儀器設備資產128億元。學校有14學院、研究生院和遠程與繼續教育學院。