學校成立於7月，1909。正是清末郵電部上海高等工業學校船政系，開創了中國高等航海教育的先河。先後經歷了郵電部高級商船學校、吳淞商船學校、交通部吳淞商船學院、重慶商船學院、國立吳淞商船學院、上海航海高等專科學校等時期。
65438-0959年，交通部成立上海海運學院，2004年經教育部批準更名為上海海事大學。2008年，上海海事大學搬遷至臨港新城。學校原為交通運輸部直屬高校，2000年劃歸上海市管理。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽署協議，成立上海海事大學。
截至2019，10年6月，學校擁有博士後科研流動站3個，壹級博士點4個，兩個學科博士點23個，壹級碩士點16個，兩個學科碩士點60個，碩士學位授權類別12個，本科專業48個；擁有12個省部級重點研究基地。