北京大學藥學院下設六個系(化學生物學系、藥物化學系、天然藥物系、藥劑學系、分子與細胞藥理學系、藥事管理與臨床藥學系)、壹室(天然藥物與仿生藥物國家重點實驗室)、壹所(應用醫學研究所)、壹中心(藥學實驗教學中心)。下設四個委員會:教學委員會、學術委員會、藥物研發委員會、對外合作與交流委員會。國家重點學科有3個，分別是藥物化學、生藥學和藥理學。？
通過“211”、“985”、“雙壹流”藥學創新平臺建設，學院學科建設取得長足進步，現已形成優秀的教學科研群體和團隊。在學科布局上，形成了以天然藥物和仿生藥物國家重點實驗室為核心，重點學科(生藥學、藥物化學和藥理學)為支撐，新興學科(化學生物學、預防藥學)和發展學科(藥事管理和臨床藥學)異軍突起，基礎研究和創新藥物研究同步發展的局面。近年來，各學科的融合與交叉不斷加強，充分發揮了多學科融合的優勢，促進了新興學科的發展。在核酸藥物、糖類藥物、分子靶向給藥系統、藥物設計和先導化合物發現、藥物合成方法學等前瞻性領域形成了明顯優勢，進壹步加快了建設世界壹流學科的步伐。