首先，概念不同
工程碩士是指參加了5438年6月+10月舉行的全國碩士研究生統壹入學考試，錄取後全日制學校畢業，擁有碩士學位證書，證書上有著名的“工程碩士”字樣。
工程碩士(非全日制)是指參加5438年6月+10月舉行的在職研究生全國統招，在沒有研究生畢業證書的情況下，經過在職學習(學習期間須在校集中學習6個月以上)取得工程碩士學位。屬於專業學位。教育、法律、農業推廣等等都有類似的碩士。
工程碩士(全日制)是指參加5438年6月+10月舉行的全國碩士統壹考試。入學後在學校脫產學習，畢業後有畢業證和學位證，畢業證和工程碩士壹樣。
第二，考試時間不同
工程碩士和工程碩士(全日制)參加5438年6月+10月全國碩士統壹考試，工程碩士(非全日制)是指5438年6月+10月舉行的在職研究生統招。
第三，教育制度
工程碩士(非全日制)以學術實踐為主；工程碩士(全日制)側重學術理論和實踐；工程碩士側重於學術理論和應用。工程碩士(全日制)和工程碩士屬於統壹的教育體系，只是類型不同，而工程碩士(非全日制)屬於不同的教育體系。