南京大學:文、史、哲、法、教、理、工、農、醫、管、藝術等諸多領域。
東南大學:工學、理學、管理學、經濟學、法學、教育學、醫學等領域。
南京師範大學:教育學、文學、歷史學、哲學、管理學、法學、理學、生命科學等領域。
南京農業大學:農學、工學、理學、經濟學、管理學、文學、法學、藝術等領域。
南京理工大學:工學、理學、管理學、文學、藝術等領域。
南京郵電大學:工學、理學、管理學、經濟學、法學、文學、教育學、藝術學等領域。
南京航空航天大學:工學、理學、管理學、經濟學、法學、教育學、文學等領域。
此外，南京醫科大學、南京工程學院、南京審計大學等高校也招收研究生，涵蓋醫、工、理、管、經、法、文、教、藝等多個領域。