海軍軍醫大學創建於1949年9月，當時叫華東軍區人民醫學院。它主要由華東醫學幹部學校、第三野戰軍衛生部醫學院、國民黨原國防醫學院和從地方招聘的壹些專家教授組成。1950 10，更名為上海軍醫大學。7月9日，1951，被中央軍委正式命名為中國人民解放軍第二軍醫大學。2065438+2007年6月29日更名為中國人民解放軍海軍軍醫大學，保留第二軍醫大學名稱。
2017年8月學校官網顯示，學校有“四系二院”，下設“壹系八部”，三個師級學生管理單位，三個附屬醫院，1國家肝癌科學中心，五個離退休幹部。