學校擁有9個碩士授權壹級學科和3個國家重點學科。中醫入選山東省“高峰學科”，中醫、中西醫結合入選山東省“優勢特色學科”。在2021中國最佳學科排名中，中醫排名第六，中西醫結合排名第五，臨床醫學保持在ESI全球前1%。
山東中醫藥大學學科建設；
學校擁有中醫、中藥、中西醫結合3個博士後科研工作站，1教育部重點實驗室，1中醫心血管疾病國家臨床醫學研究分中心，3個國家區域中醫診療中心，6個國家中醫藥管理局三級重點實驗室，2個國家中醫藥管理局重點研究實驗室，2個國家學術流派傳承工作室。
擁有國家中醫藥臨床研究基地和國家重大新藥創制平臺(山東)。山東省重點實驗室、山東省工程技術研究中心等省級科研創新平臺27個。