學校有6個醫院和7個學院，包括2個國家重點壹級學科，7個博士學位授權點，3個碩士學位授權點，2個本科專業。
學校的前身是1906年美英基督教會創辦的協和醫學院。1912，更名為協和醫學院。1917年，北京協和醫學院成立。1919，更名為北京協和醫學院。1929，改名私立北京協和醫學院。