中華人民共和國教育部直屬清華大學，排名為“工程211”、“工程985”，入選“珠峰計劃”、“工程2011”、“工程11”。是C9聯盟、東亞研究型大學協會、環太平洋大學聯盟、清華-劍橋-麻省理工低碳能源大學聯盟成員，設立副部級。
截至2065438年3月31日，清華大學運行的科研機構322個，其中經政府部門批準的科研機構123個，其中國家實驗室1個(待建)，重大科技基礎設施1個，國家大型科學儀器中心2個。