南京林業大學的前身是中央大學/南京大學林學系(創建於1902)和金陵大學林學系(創建於1888)，南京林學院合並於1952，是當時全國僅有的三所林學院之壹。1955華中農學院(由武漢大學、南昌大學、湖北農學院合並而成)林學系合並，1972更名為南京林業工業學院。1983恢復南京林學院名稱，1985更名為南京林業大學。
南京林業大學擁有8個博士後流動站，7個博士學位授權壹級學科，1個博士學位授權二級學科，12個碩士學位授權壹級學科，8個碩士學位授權二級學科，23個專業學位授權點。
我校研究生教育始於建校時的1952。1978我國恢復研究生教育後，我校研究生教育發展迅速。1981我國實行學位制度時，學校是首批擁有碩士學位和博士學位授予權的單位之壹。現有研究生3000余人，其中博士生555人，碩士生2071人，非全日制專業學位研究生近1人。