南京大學為納入國家研究生招生計劃的新進研究生設立“助學金”，年收入6000元/人；同時設立三個等級的“學業獎學金”，獎金額為每人每年6000-12000元；研究生中，教育部有“國家獎學金”，額度2萬元/人；此外，學校還設有各種冠名獎學金和“助教、助研、研管”崗位；學生還可以申請國家信用助學貸款(國家開發銀行生源地信用助學貸款、中國銀行生源地信用助學貸款)。