東北財經大學下設研究生部、MBA學院、MPAcc教育中心、MPA教育中心、J.M教育中心、財稅學院、電子商務學院、法學院、公共管理學院、工商管理學院、國際中國文化學院、國際經濟與貿易學院、國際商務外國語學院、國際商學院、廣金建設管理學院、金融學院、傅宏經濟學院、會計學院、旅遊與酒店管理學院。有成人教育學院、網絡教育學院、職業技術學院、自考學院、經濟信息系、數量經濟系、統計系、社會學系、文化傳播系、體育系等29個教學機構。此外，大連經濟技術開發區還有壹所獨立學院——金橋商學院。學校有專(兼)職教師843人，全日制學生12494人。
東北財經大學的研究生教育既包括普通全日制碩士、博士研究生教育，也包括專業碩士學位教育。學校擁有應用經濟學、工商管理兩個博士後流動站，擁有理論經濟學、應用經濟學、工商管理、管理科學與工程四個博士學位授權點壹級學科；兩個學科博士點34個；54個碩士項目。學校還擁有MBA、MPA、MPAcc、J.M等專業碩士學位的授予權..