在藥房實習期間上交畢業證或押金是否違法？

不合法。根據《中華人民共和國勞動合同法》第九條規定，用人單位在招用勞動者時扣押勞動者的證明並要求提供擔保，或者在藥店實習期間扣押勞動者的居民身份證等證件，或者要求勞動者提供擔保或者以其他名義向勞動者收取財物，或者上交畢業證或者押金，均屬違法行為。