1958成立的熱能科學研究院和華南熱帶作物學院(後更名為華南熱帶農業大學)也簡稱為“熱能工程二院”。“熱能工程二院”從65438到0983開始從事研究生教育。2007年，熱能工程學院從原華南熱帶農業大學分離出來，原華南熱帶農業大學和原海南大學合並為新的海南大學。熱能工程研究所和新海南大學繼續在研究生培訓和科學研究方面進行合作。在30年的研究生培養歷程中，熱所與原華南熱帶農業大學、海南大學共同培養碩士、博士研究生2300余名，博士後15人。
自2007年以來，熱能工程學院導師指導的41篇研究生學位論文被評為海南省優秀研究生學位論文(其中海南省博士學位論文10篇)，56篇研究生學位論文被海南大學評為優秀研究生學位論文(其中海南大學博士學位論文65438篇)。
此外，熱科院還與華中農業大學、四川大學、廣東藥科大學、黑龍江八壹農墾大學等高校建立了廣泛的合作關系。目前，熱科院在海南大學、華中農業大學等高校擁有兼職博士生導師44人，兼職碩士生導師170余人，招生專業涵蓋作物科學、生物學、園藝、植物保護、農業資源利用、食品科學與工程、農業工程等6500個。
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