復旦大學研究生院成立於6月6日，1984，165438，上海醫科大學研究生院成立於10月25日，1985，均在研究生教育制度恢復後全國首批成立的22所研究生院之列。2000年4月，復旦大學與上海醫科大學合並，組建新的復旦大學，研究生院也並入新的復旦大學研究生院，從而形成了文史哲法、經、理、工、醫、管等學科齊全的綜合性研究生培養格局。
學校現有中國語言文學系、歷史系、遺產與博物館系、外國語言文學學院、法學院、國際關系與公共事務學院、新聞學院、經濟學院、管理學院等29個直屬院系，70個本科專業，24個壹級學科博士學位授權點，153個博士學位授權學科和專業點(含29個自設、專業學位)。
學校有壹支高水平的教師隊伍。在2400多名教師中，教授、副教授超過65438人。全校在職博士生導師近1萬人，其中中國科學院院士31人，中國工程院院士9人。