中國科學院新疆生態與科學院研究所，成立於7月7日，1998。由中國科學院新疆生物土壤與沙漠研究所(成立於1961)和中國科學院新疆地理研究所(成立於1965)合並而成。1所重點培育五個研究方向:新疆工礦區城市生態建設與生態修復、幹旱區汙染修復與廢棄物利用、幹旱區生物多樣性保護與流域生態農業模式、特殊功能基因發掘與新品種培育、新疆自然災害預警與應急管理。1截止2014年末，該院有職工445人；國家重點實驗室1，中科院重點實驗室1。1國家級研究中心和1中科院研究中心。
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