1992被授予學士學位權。2000年順利通過教育部首批師範院校本科教學合格評估。2003年被國務院學位委員會增補為碩士學位授予機關單位，具有碩士學位授予權。2007年被列為福建省重點建設大學。
閩南師範大學的學科建設。
閩南師範大學擁有福建省壹級重點學科4個(其中特色重點學科1)，國家特需博士培養計劃1，壹級學科碩士點4個，二級學科碩士點30個，碩士學位授權點6個。4個學科(群)入選福建省高原學科，5個學科入選福建省應用學科。
學校堅持學習興校戰略，以提高科研創新和社會服務為目標，不斷加強學科、人才隊伍和科研建設。學校擁有27個省(部)級科研創新平臺和人文社會科學研究基地，6個省級科技創新團隊。
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