中醫專業的研究生傾向於中西醫結合，所以基本上入學後導師都會為研究生選擇“電鏡技術”、“分子生物學”等西醫前沿學科和技術，為研究生層面的實驗研究打下基礎。
此外，醫學專業的研究生畢業要求更高，必須發表壹篇CSCD論文才能畢業。雖然在學校壓力很大，但工作後感覺優勢明顯。
目前針灸推拿學碩士最多的有:卓教授、周副教授(目前在瑞士工作訪問)、龔副教授(在英國工作訪問2年)、徐副教授(博士後)、唐副教授。
中西醫結合基礎與臨床方向:曹教授(院長)、蒲教授、李副教授、洪副教授、黃副教授、陳副教授。
中醫方向:林副教授。
這些只是2010研究生招生導師，明年會有變化。可以在重慶醫科大學的網站上查詢各個導師的成果和研究方向。