學校創建於1936，前身為國家藥學院(本科四年制)，是我國第壹所由國家創辦的藥學高等院校。1937遷回漢口，1938遷回重慶，1946遷回南京。
1950更名為華東藥學院。1952齊魯大學藥學系與東吳大學藥學系合並為校，華東藥學院成立。1953中南衛生學院藥學專業並入學校。
1956更名為南京藥學院。1986與正在籌建的南京中醫學院合並成立中國藥科大學。2000年，學校從國家醫藥產品管理局轉到教育部管理。2001江蘇藥校並入學校。
到2023年3月，學校擁有玄武門和江寧兩個校區，占地2100畝，建築面積69萬平方米。有16個系，31個本科專業。
在職教職工1868人，其中專任教師1128人，全日制學生19440人，其中本科生11262人，研究生7688人，留學生490人。